企业孵化器的运营工作围绕确立目标、设定入孵标准和毕业标准、挑选入孵企业、提供孵化服务、促成入住企业顺利毕业、考核孵化成果这一系统过程开展。在孵化器运营体系中，输入量是在孵企业，输出量是毕业企业，孵化器目标、入孵标准和毕业标准是三个约束条件（如图1）。孵化器目标决定选择什么样的企业入住和达到何种条件企业毕业，毕业标准和入孵标准之间的差距决定孵化服务的开展空间，孵化服务的成效则是孵化器目标实现程度的体现。孵化器目标是否合理，入孵标准和毕业标准是否科学，孵化服务是否有效，对孵化器运营成果起着决定性的作用。

中国企业孵化器经历了二十几年的发展，已经进入稳定发展期。每年都有新增企业孵化器。截止2010年底，中国企业孵化器已由2000年的164家发展到894家，成为仅次于美国的孵化器大国。尽管中国科技企业孵化器发展迅速，但仍然存在着区域间发展不平衡，孵化功能不完善，融资平台欠缺和人员素质偏低等多方面的问题。中国的科技企业孵化器在不同地区之间、不同省份之间以及不同城市之间的数量差异较大。中国的大部分科技企业孵化器过于集中在东部地区及少数中心城市，没有形成面向全国的辐射效应，极大地制约了中国孵化器事业整体上的协调发展。其次，中国现有的企业孵化器基本上是由政府直接或间接提供大量的资金专门兴建的，硬件设施完备，收费低廉，为在孵企业提供了良好的基本服务支持。但是，除极少数企业孵化器对企业的具体运作提供全面支持外，绝大部分企业孵化器都无能力提供全方位的管理服务，孵化器的功能尚需增强。此外，在债权性融资等方面，由于中小企业普遍无法提供可以质押和担保的有形资产，信用体系尚未建立健全，而银行风险规避的需要等因素，导致了中国中小企业基本上很难从银行等金融机构获得债权性融资。而中国现有企业孵化器的许多管理人员来自于政府机关或事业单位，服务意识不够，普遍缺乏经营管理能力，缺少创业经验，也缺乏高水平的技术能力和技术依托。这就直接影响了科技企业孵化器的运作效率，影响孵化器的服务质量和水平。